Brevet, chimie et open data : introduction aux bases de données chimiques ouvertes

Découvrez comment explorer les bases de données chimiques ouvertes comme SureChEMBL et ChEMBL, au croisement des brevets, de la recherche et de l’open science.

La recherche scientifique moderne repose de plus en plus sur le partage des données, et la chimie ne fait pas exception. Depuis plusieurs années, des bases de données publiques permettent d’explorer la composition de molécules, leurs propriétés, et leurs usages décrits dans des brevets pharmaceutiques ou industriels. Cette page vous propose une introduction claire à l’open data chimique à travers les plateformes emblématiques comme SureChEMBL et Open ChEMBL.

1. Qu’est-ce que l’open data en chimie ?

Il s’agit de la mise à disposition libre et gratuite de données structurées sur des composés chimiques. Ces informations peuvent concerner leur structure moléculaire, leur activité biologique, leurs réactions ou leur présence dans des publications scientifiques ou des brevets. Cette approche favorise la transparence, la reproductibilité des travaux, et l’accélération de la découverte scientifique.

2. Brevets et chimie : pourquoi les relier ?

Les brevets, en particulier dans les domaines pharmaceutique, agrochimique ou cosmétique, contiennent une immense quantité de données techniques. Pourtant, ces informations sont rarement faciles à interroger. Des projets comme SureChEMBL se donnent pour mission de extraire automatiquement les structures chimiques décrites dans les brevets et de les rendre accessibles à la recherche publique.

3. SureChEMBL : explorer la chimie dans les brevets

SureChEMBL est une base de données développée par EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute). Elle extrait les entités chimiques présentes dans les brevets du monde entier, en particulier ceux publiés par l’EPO, USPTO, JPO et WIPO. On y retrouve plus de 100 millions de structures chimiques indexées.

Fonctionnalités principales :

• Recherche par nom, structure, ou identifiant (InChI, SMILES, ChEMBL ID) ;
• Exploration par familles de brevets ou entreprises déposantes ;
• Accès aux publications scientifiques liées à une molécule spécifique ;
• Connexion avec les bases ChEMBL et PubChem.

➡️ Accédez directement à SureChEMBL : https://www.surechembl.org/

4. Open ChEMBL : la recherche biologique libre

ChEMBL est une base de données ouverte sur les composés bioactifs. Elle propose des informations sur l’activité pharmacologique de molécules, leurs cibles biologiques et leur potentiel thérapeutique. Open ChEMBL, sa déclinaison librement accessible, est utilisée par des universités, des startups et des centres de recherche dans le monde entier.

ChEMBL permet de :

• Découvrir les propriétés pharmacodynamiques de substances ;
• Accéder à des profils toxicologiques et des interactions connues ;
• Comparer des molécules issues de différents laboratoires ou brevets ;
• Explorer les essais cliniques associés à certaines structures chimiques.

➡️ Visitez Open ChEMBL : >https://www.ebi.ac.uk/chembl/

5. Pourquoi ces outils sont-ils importants ?

Parce qu’ils permettent à des chercheurs du monde entier de :

• Réutiliser des données existantes sans frais, ni duplication d’efforts ;
• Vérifier l’antériorité d’une molécule dans les brevets ou essais publiés ;
• Élargir l’accès à la recherche pharmaceutique aux pays à faibles ressources ;
• Favoriser une science plus ouverte, collaborative et éthique.

6. À qui s’adressent ces bases ?

Ces ressources sont utilisées par :

• Des laboratoires universitaires pour valider leurs recherches ;
• Des étudiants en pharmacie, biologie, chimie ou propriété intellectuelle ;
• Des professionnels du brevet et de la veille technologique ;
• Des start-ups en biotech ou en intelligence artificielle appliquée à la santé.

7. Limites et précautions

Malgré leur puissance, ces bases demandent :

• Une certaine familiarité avec les structures chimiques (notation, langage SMILES, InChI) ;
• Des compétences en veille technologique et en interprétation des données ;
• Une attention aux licences de réutilisation des données issues de tiers.

Mais pour toute personne curieuse de comprendre la dynamique entre science ouverte, brevets et chimie, elles offrent un terrain d’exploration inestimable.